Cоматический мозаицизм и структурная вариабельность гена GBP3 при атеросклерозе

Цель исследования заключалась в сравнительном анализе вариаций по числу копий участков ДНК (CNV) в гене GBP3 в лейкоцитах и артериях пациентов с каротидным атеросклерозом. Материалом послужили парные образцы крови и атеросклеротические бляшки сонных артерий, полученные от пациентов с каротидным атеросклерозом (n = 94). Оценка CNV выполнялась с помощью цифровой капельной ПЦР. Показано, что у пациентов с каротидным атеросклерозом частота CNV в гене GBP3 в лейкоцитах крови составляет 44 %. CNVделеция в гомозиготном состоянии выявлена у 5 (5,3 %) пациентов, а в гетерозиготном – у 36 (38,3 %). CNV-амплификация в том же регионе идентифицирована у одного больного. Соматический мозаицизм при сравнении образцов ДНК тканей атеросклеротической бляшки и лейкоцитов периферической крови обнаружен у 12 (13 %) пациентов. Мозаичные CNVделеции преобладали в лейкоцитах периферической крови, в то время как CNV-амплификации – напротив, в атеросклеротических бляшках. Соматический мозаицизм по гену GBP3 при атеросклерозе широко представлен и имеет различное соотношение клонов, несущих тот или иной тип CNV по гену GBP3.

1. Shia W.-C., Ku T.H., Tsao Y.M. et al. Genetic copy number variants in myocardial infarction patients with hyperlipidemia // BMC Genomics. 2011. Vol. 12, Suppl 3. P. S23.

2. Marques F.Z., Prestes P.R., Pinheiro L.B. et al. Measurement of absolute copy number variation reveals association with essential hypertension // BMC Med. Genomics. 2014. Vol. 7. P. 44.

3. Boon-Peng H., Mat Jusoh J.A., Marshall C.R. et al. Rare copy number variants identified suggest the regulating pathways in hypertension-related left ventricular hypertrophy // PLoS One. 2016. Vol. 11, N 3. P. e0148755.

4. Glessner J.T. et al. CNV association of diverse clinical phenotypes from eMERGE reveals novel disease biology underlying cardiovascular disease // Int. J. Cardiol. 2019. doi: DOI10.1016/j.ijcard.2019.07.058

5. Nazarenko M.S., Sleptcov A.A., Lebedev I.N. et al. Genomic structural variations for cardiovascular and metabolic comorbidity // Sci. Rep. 2017. Vol. 7. P. 41268.

6. Tretina K., Park E.S., Maminska A., MacMicking J.D. Interferon-induced guanylate-binding proteins: Guardians of host defense in health and disease // J. Exp. Med. 2019. Vol. 216, N 3. P. 482–500.

7. Xie G., Myint P.K., Voora D. et al. Genome-wide association study on progression of carotid artery intima media thickness over 10 years in a Chinese cohort // Atherosclerosis. 2015. Vol. 243, N 1. P. 30–37.

8. Goo Y.-H., Son S.H., Yechoor V.K., Paul A. Transcriptional profiling of foam cells reveals induction of guanylate-binding proteins following Western diet acceleration of atherosclerosis in the absence of global changes in inflammation // J. Am. Heart Assoc. Vol. 5, N 4. P. e002663.

9. Forsberg L.A., Gisselsson D., Dumanski J.P. Mosaicism in health and disease clones picking up speed // Nat. Rev. Genet. 2017. Vol. 18, N 2. P. 128–142.

10. Sambrook J., Russell D.W. Molecular cloning. A laboratory manual. 3 vol. N.Y.: Cold Spring Harbor, 2001.

11. Zhou B., Haney M.S., Zhu X. et al. Detection and quantification of mosaic genomic DNA variation in primary somatic tissues using ddPCR: Analysis of mosaic transposable-element insertions, copy-number variants, and single-nucleotide variants // Methods Mol. Biol. 2018. Vol. 1768. P. 173–190.

12. Fujiki K., Shirahige K., Kaur M. et al. Mosaic ratio quantification of isochromosome 12p in PallisterKillian syndrome using droplet digital PCR // Mol. Genet. Genomic Med. 2016. Vol. 4, N 3. P. 257–261.

13. Mills R.E., Walter K., Stewart C. et al. Mapping copy number variation by population-scale genome sequencing // Nature. 2011. Vol. 470, N 7332. P. 59–65.

14. Park H., Kim J.I., Ju Y.S. et al. Discovery of common Asian copy number variants using integrated high-resolution array CGH and massively parallel DNA sequencing // Nat. Genet. 2010. Vol. 42, N 5. P. 400–405.

15. Steensma D.P., Bejar R., Jaiswal S. et al. Clonal hematopoiesis of indeterminate potential and its distinction from myelodysplastic syndromes // Blood. 2015. Vol. 126, N 1. P. 9–16.