aterosklerozАтеросклерозAteroscleroz2078-256X2949-3633НИИТПМ-филиал ИЦиГ СО РАН10.52727/2078-256X-2023-19-3-329-332ateroskleroz-1001Research ArticleМАТЕРИАЛЫ ВТОРОЙ ВСЕРОССИЙСКОЙ КОНФЕРЕНЦИИ С МЕЖДУНАРОДНЫМ УЧАСТИЕМ «ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ АСПЕКТЫ АТЕРОСКЛЕРОЗА: НАУЧНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ ДЛЯ СОВЕРШЕНСТВОВАНИЯ ТЕХНОЛОГИЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ», г. Новосибирск, 12 октября 2023 г.MATERIALS OF THE SECOND ALL-RUSSIAN CONFERENCE WITH INTERNATIONAL PARTICIPATION “FUNDAMENTAL ASPECTS OF ATHEROSCLEROSIS: SCIENTIFIC RESEARCH TO IMPROVE TECHNOLOGIES OF PERSONALIZED MEDICINE”, October 12, 2023, NovosibirskТехнология молекулярно-генетической диагностики моногенных форм гиперхолестеринемии методами высокопроизводительного секвенированияШахтшнейдерЕ. В.

г. Новосибирск

ИванощукД. Е.

г. Новосибирск

КолкерА. Б.

г. Новосибирск

СемаевС. С.

г. Новосибирск

ОрловП. С.

г. Новосибирск

ТимощенкоО. В.

г. Новосибирск

НИИ терапии и профилактической медицины – филиал ФГБНУ ФИЦ ИЦиГ СО РАН; ФГБНУ «ФИЦ Институт цитологии и генетики СО РАН»Russian FederationНовосибирский государственный технический университетRussian FederationФГБНУ «ФИЦ Институт цитологии и генетики СО РАН»Russian Federation202307102023193329332Copyright © Шахтшнейдер Е.В., Иванощук Д.Е., Колкер А.Б., Семаев С.С., Орлов П.С., Тимощенко О.В., 20232023Шахтшнейдер Е.В., Иванощук Д.Е., Колкер А.Б., Семаев С.С., Орлов П.С., Тимощенко О.В.Шахтшнейдер Е.В., Иванощук Д.Е., Колкер А.Б., Семаев С.С., Орлов П.С., Тимощенко О.В.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://ateroskleroz.elpub.ru/jour/article/view/1001

Моногенные нарушения – патологии, которые вызваны изменениями только одного гена. Одним из наиболее распространенных (1:250) моногенных нарушений липидного обмена является семейная гиперхолестеринемия (СГХС) [1]. СГХС приводит к раннему развитию сердечно-сосудистых заболеваний (ССЗ) атеросклеротического генеза [2–4]. Редкие патогенные варианты в гене LDLR определяются в 80–85 % случаев, когда выявлена молекулярно-генетическая причина развития СГХС, варианты в других генах определяются с частотой менее 5 % (APOB, PCSK9, LDLRAP1, ABCG5, ABCG8 и др.) [5, 6]. У лиц с СГХС риск развития ССЗ в 2,5–10 раз выше по сравнению с контрольной группой [7, 8], но в случае диагностики и лечения СГХС в раннем возрасте риск значительно снижается (≈ 80 %) [7]. Активное выявление пациентов с СГХС и применение каскадного скрининга могут помочь обеспечить лечение до начала клинических проявлений ССЗ [9].

Работа поддержана грантом Российского научного фонда № 22-25-00743 и грантом Администрации Новосибирской области 2023 г.ReferencesЕжов М.В., Бажан С.С., Ершова А.И., Мешков А.Н., Соколов А.А., Кухарчук В.В., Гуревич В.С., Воевода М.И., Сергиенко И.В., Шахтшнейдер Е.В., Покровский С.Н., Коновалов Г.А., Леонтьева И.В., Константинов В.О., Щербакова М.Ю., Захарова И.Н., Балахонова Т.В., Филиппов А.Е., Ахмеджанов Н.М., Александрова О.Ю., Липовецкий Б.М. Клинические рекомендации по семейной гиперхолестеринемии. Атеросклероз, 2019; 15 (1): 58–98.Ezhov M.V., Bazhan S.S., Ershova A.I., Meshkov A.N., Sokolov A.A., Kukharchuk V.V., Gurevich V.S., Voevoda M.I., Sergienko I.V., Shakhtshneider E.V., Pokrovsky S.N., Konovalov G.A., Leontyeva I.V., Konstantinov V.O., Shcherbakova M.Yu., Zakharova I.N., Balakhonova T.V., Filippov A.E., Akhmedzhanov N.M., Aleksandrova O.Yu., Lipovetsky B.M. Clinical Guidelines for Familial Hypercholesterolemia. Ateroscleroz, 2019; 15 (1): 58–98. (In Russ.)Borén J., Chapman M.J., Krauss R.M., Packard C.J., Bentzon J.F., Binder C.J., Daemen M.J., Demer L.L., Hegele R.A., Nicholls S.J. et al. Low-density lipoproteins cause atherosclerotic cardiovascular disease: Pathophysiological, genetic, and therapeutic insights: A consensus statement from the European Atherosclerosis Society Consensus Panel. Eur. Heart J., 2020; 41: 2313–2330. doi: 10.1093/eurheartj/ehz962Borén J., Chapman M.J., Krauss R.M., Packard C.J., Bentzon J.F., Binder C.J., Daemen M.J., Demer L.L., Hegele R.A., Nicholls S.J. et al. Low-density lipoproteins cause atherosclerotic cardiovascular disease: Pathophysiological, genetic, and therapeutic insights: A consensus statement from the European Atherosclerosis Society Consensus Panel. Eur. Heart J., 2020; 41: 2313–2330. doi: 10.1093/eurheartj/ehz962Santos R.D., Gidding S.S., Hegele R.A., Cuchel M.A., Barter P.J., Watts G.F., Baum S.J., Catapano A.L., Chapman M.J., Defesche J.C. et. al. International Atherosclerosis Society Severe Familial Hypercholesterolemia Panel. Defining severe familial hypercholesterolaemia and the implications for clinical management: A consensus statement from the International Atherosclerosis Society Severe Familial Hypercholesterolemia Panel. Lancet Diabetes Endocrinol., 2016, 4, 850–861. doi: 10.1016/S2213-858730041-9Santos R.D., Gidding S.S., Hegele R.A., Cuchel M.A., Barter P.J., Watts G.F., Baum S.J., Catapano A.L., Chapman M.J., Defesche J.C. et. al. International Atherosclerosis Society Severe Familial Hypercholesterolemia Panel. Defining severe familial hypercholesterolaemia and the implications for clinical management: A consensus statement from the International Atherosclerosis Society Severe Familial Hypercholesterolemia Panel. Lancet Diabetes Endocrinol., 2016, 4, 850–861. doi: 10.1016/S2213-858730041-9Wiegman A., Gidding S.S., Watts G.F., Chapman M.J., Ginsberg H.N., Cuchel M., Ose L., Averna M., Boileau C., Borén J. et al. European Atherosclerosis Society Consensus Panel. Familial hypercholesterolaemia in children and adolescents: Gaining decades of life by optimizing detection and treatment. Eur. Heart J., 2015; 36: 2425–2437. doi: 10.1093/eurheartj/ehv157Wiegman A., Gidding S.S., Watts G.F., Chapman M.J., Ginsberg H.N., Cuchel M., Ose L., Averna M., Boileau C., Borén J. et al. European Atherosclerosis Society Consensus Panel. Familial hypercholesterolaemia in children and adolescents: Gaining decades of life by optimizing detection and treatment. Eur. Heart J., 2015; 36: 2425–2437. doi: 10.1093/eurheartj/ehv157Nordestgaard B.G., Chapman M.J., Humphries S.E., Ginsberg H.N., Masana L., Descamps O.S., Wiklund O., Hegele R.A., Raal F.J., Defesche J.C. et al.; European Atherosclerosis Society Consensus Panel. Familial hypercholesterolaemia is un-derdiagnosed and undertreated in the general population: Guidance for clinicians to prevent coronary heart disease: Con-sensus statement of the European Atherosclerosis Society. Eur. Heart J., 2013; 34: 3478–3490. doi: 10.1093/eurheartj/eht273Nordestgaard B.G., Chapman M.J., Humphries S.E., Ginsberg H.N., Masana L., Descamps O.S., Wiklund O., Hegele R.A., Raal F.J., Defesche J.C. et al.; European Atherosclerosis Society Consensus Panel. Familial hypercholesterolaemia is un-derdiagnosed and undertreated in the general population: Guidance for clinicians to prevent coronary heart disease: Con-sensus statement of the European Atherosclerosis Society. Eur. Heart J., 2013; 34: 3478–3490. doi: 10.1093/eurheartj/eht273Vasilyev V., Zakharova F., Bogoslovskay T., Mandelshtam M. Familial Hypercholesterolemia in Russia: Three Decades of Genetic Studies. Front. Genet., 2020; 11: 550591. https://doi.org/10.3389/fgene.2020.550591Vasilyev V., Zakharova F., Bogoslovskay T., Mandelshtam M. Familial Hypercholesterolemia in Russia: Three Decades of Genetic Studies. Front. Genet., 2020; 11: 550591. https://doi.org/10.3389/fgene.2020.550591Gidding S.S., Champagne M.A., de Ferranti S.D., Defesche J., Ito M.K., Knowles J.W., McCrindle B., Raal F., Rader D., Santos R.D., Lopes-Virella M., Watts G.F., Wierzbicki A.S.; American Heart Association Atherosclerosis, Hypertension, and Obesity in Young Committee of Council on Cardiovascular Disease in Young, Council on Cardiovascular and Stroke Nursing, Council on Functional Genomics and Translational Biology, and Council on Lifestyle and Cardiometabolic Health. The Agenda for Familial Hypercholesterolemia: A Scientific Statement From the American Heart Association. Circulation., 2015 Dec 1; 132 (22): 2167–2192. doi: 10.1161/CIR.0000000000000297Gidding S.S., Champagne M.A., de Ferranti S.D., Defesche J., Ito M.K., Knowles J.W., McCrindle B., Raal F., Rader D., Santos R.D., Lopes-Virella M., Watts G.F., Wierzbicki A.S.; American Heart Association Atherosclerosis, Hypertension, and Obesity in Young Committee of Council on Cardiovascular Disease in Young, Council on Cardiovascular and Stroke Nursing, Council on Functional Genomics and Translational Biology, and Council on Lifestyle and Cardiometabolic Health. The Agenda for Familial Hypercholesterolemia: A Scientific Statement From the American Heart Association. Circulation., 2015 Dec 1; 132 (22): 2167–2192. doi: 10.1161/CIR.0000000000000297Khera A.V., Won H.H., Peloso G.M., Lawson K.S., Bartz T.M., Deng X., van Leeuwen E.M., Natarajan P., Emdin C.A., Bick A.G., Morrison A.C., Brody J.A., Gupta N., Nomura A., Kessler T., Duga S., Bis J.C., van Duijn C.M., Cupples L.A., Psaty B., Rader D.J., Danesh J., Schunkert H., McPherson R., Farrall M., Watkins H., Lander E., Wilson J.G., Correa A., Boerwinkle E., Merlini P.A., Ardissino D., Saleheen D., Gabriel S., Kathiresan S. Diagnostic Yield and Clinical Utility of Sequencing Familial Hypercholesterolemia Genes in Patients With Severe Hypercholesterolemia. J. Am. Coll. Cardiol., 2016 Jun 7; 67 (22): 2578–2589. doi: 10.1016/j.jacc.2016.03.520Khera A.V., Won H.H., Peloso G.M., Lawson K.S., Bartz T.M., Deng X., van Leeuwen E.M., Natarajan P., Emdin C.A., Bick A.G., Morrison A.C., Brody J.A., Gupta N., Nomura A., Kessler T., Duga S., Bis J.C., van Duijn C.M., Cupples L.A., Psaty B., Rader D.J., Danesh J., Schunkert H., McPherson R., Farrall M., Watkins H., Lander E., Wilson J.G., Correa A., Boerwinkle E., Merlini P.A., Ardissino D., Saleheen D., Gabriel S., Kathiresan S. Diagnostic Yield and Clinical Utility of Sequencing Familial Hypercholesterolemia Genes in Patients With Severe Hypercholesterolemia. J. Am. Coll. Cardiol., 2016 Jun 7; 67 (22): 2578–2589. doi: 10.1016/j.jacc.2016.03.520Knowles J.W., Rader D.J., Khoury M.J. Cascade Screening for Familial Hypercholesterolemia and the Use of Genetic Testing. JAMA, 2017; 318 (4): 381– 382. doi: 10.1001/jama.2017.8543Knowles J.W., Rader D.J., Khoury M.J. Cascade Screening for Familial Hypercholesterolemia and the Use of Genetic Testing. JAMA, 2017; 318 (4): 381– 382. doi: 10.1001/jama.2017.8543Hegele R.A., Borén J., Ginsberg H.N., Arca M., Averna M., Binder C.J. et al. Rare dyslipidaemias, from phenotype to genotype to management: A European atherosclerosis society task force consensus statement. Lancet Diabetes Endocrinol., 2020; 8 (1), 50–67. doi: 10.1016/S2213-8587(19)30264-5Hegele R.A., Borén J., Ginsberg H.N., Arca M., Averna M., Binder C.J. et al. Rare dyslipidaemias, from phenotype to genotype to management: A European atherosclerosis society task force consensus statement. Lancet Diabetes Endocrinol., 2020; 8 (1), 50–67. doi: 10.1016/S2213-8587(19)30264-5Hegele R.A., Ban M.R., Cao H., McIntyre A.D., Robinson J.F. and Wang J. Targeted next-generation sequencing in monogenic dyslipidemias. Curr. Opin. Lipidol., 2015; 26 (2): 103–113. doi: 10.1097/MOL.0000000000000163Hegele R.A., Ban M.R., Cao H., McIntyre A.D., Robinson J.F. and Wang J. Targeted next-generation sequencing in monogenic dyslipidemias. Curr. Opin. Lipidol., 2015; 26 (2): 103–113. doi: 10.1097/MOL.0000000000000163Berberich A.J., Hegele R.A. A modern approach to dyslipidemia. Endocr. Rev., 2022; 43 (4): 611–653. doi: 10.1210/endrev/bnab037Berberich A.J., Hegele R.A. A modern approach to dyslipidemia. Endocr. Rev., 2022; 43 (4): 611–653. doi: 10.1210/endrev/bnab037Sadiq F., Hegele R.A., Catapano A.L., Groselj U. Editorial: Rare dyslipidemias. Front. Genet., 2023; 14: 1248435. doi: 10.3389/fgene.2023.1248435Sadiq F., Hegele R.A., Catapano A.L., Groselj U. Editorial: Rare dyslipidemias. Front. Genet., 2023; 14: 1248435. doi: 10.3389/fgene.2023.1248435Banda J.M., Sarraju A., Abbasi F., Parizo J., Pariani M., Ison H., Briskin E., Wand H., Dubois S., Jung K., Myers S.A., Rader D.J., Leader J.B., Murray M.F., Myers K.D., Wilemon K., Shah N.H., Knowles J.W. Finding missed cases of familial hypercholesterolemia in health systems using machine learning. NPJ Digit Med., 2019 Apr 11; 2: 23. doi: 10.1038/s41746-019-0101-5Banda J.M., Sarraju A., Abbasi F., Parizo J., Pariani M., Ison H., Briskin E., Wand H., Dubois S., Jung K., Myers S.A., Rader D.J., Leader J.B., Murray M.F., Myers K.D., Wilemon K., Shah N.H., Knowles J.W. Finding missed cases of familial hypercholesterolemia in health systems using machine learning. NPJ Digit Med., 2019 Apr 11; 2: 23. doi: 10.1038/s41746-019-0101-5Pina A., Helgadottir S., Mancina R.M., Pavanello C., Pirazzi C., Montalcini T., Henriques R., Calabresi L., Wiklund O., Macedo M.P., Valenti L., Volpe G., Romeo S. Virtual genetic diagnosis for familial hypercholesterolemia powered by machine learning. Eur. J. Prev. Cardiol., 2020 Oct; 27 (15): 1639–1646. doi: 10.1177/2047487319898951Pina A., Helgadottir S., Mancina R.M., Pavanello C., Pirazzi C., Montalcini T., Henriques R., Calabresi L., Wiklund O., Macedo M.P., Valenti L., Volpe G., Romeo S. Virtual genetic diagnosis for familial hypercholesterolemia powered by machine learning. Eur. J. Prev. Cardiol., 2020 Oct; 27 (15): 1639–1646. doi: 10.1177/2047487319898951Santos R.D. Advancing Prediction of Pathogenicity of Familial Hypercholesterolemia LDL Receptor Commonest Variants with Machine Learning Models. JACC Basic Transl. Sci., 2021 Nov 22; 6 (11): 828–830. doi: 10.1016/j.jacbts.2021.10.008Santos R.D. Advancing Prediction of Pathogenicity of Familial Hypercholesterolemia LDL Receptor Commonest Variants with Machine Learning Models. JACC Basic Transl. Sci., 2021 Nov 22; 6 (11): 828–830. doi: 10.1016/j.jacbts.2021.10.008WHO–Human genetics DoNDP. Familial hypercholesterolaemia–report of a second WHO consultation, Ed. Geneva: WHO, 1999 [Электронный ресурс]. URL: https://apps.who.int/iris/handle/10665/66346 (14.11.2022).WHO–Human genetics DoNDP. Familial hypercholesterolaemia–report of a second WHO consultation, Ed. Geneva: WHO, 1999 [Электронный ресурс]. URL: https://apps.who.int/iris/handle/10665/66346 (14.11.2022).Sambrook J., Russell D.W. Purification of nucleic acids by extraction with phenol:chloroform. CSH Protoc., 2006 Jun 1; 2006 (1): pdb.prot4455. doi: 10.1101/pdb.prot4455Sambrook J., Russell D.W. Purification of nucleic acids by extraction with phenol:chloroform. CSH Protoc., 2006 Jun 1; 2006 (1): pdb.prot4455. doi: 10.1101/pdb.prot4455Richards S., Aziz N., Bale S., Bick D., Das S., Gastier-Foster J., Grody W.W., Hegde M., Lyon E., Spector E., Voelkerding K., Rehm H.L.; ACMG Laboratory Quality Assurance Committee. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet. Med., 2015 May; 17 (5): 405–424. doi: 10.1038/gim.2015.30Richards S., Aziz N., Bale S., Bick D., Das S., Gastier-Foster J., Grody W.W., Hegde M., Lyon E., Spector E., Voelkerding K., Rehm H.L.; ACMG Laboratory Quality Assurance Committee. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet. Med., 2015 May; 17 (5): 405–424. doi: 10.1038/gim.2015.30Szklarczyk D., Gable A.L., Lyon D., Junge A., Wyder S., Huerta-Cepas J., Simonovic M., Doncheva N.T., Morris J.H., Bork P. et al. STRING v11: Protein-protein association networks with increased coverage, supporting functional discovery in genomewide experimental datasets. Nucleic. Acids. Res., 2019; 47: D607–D613.Szklarczyk D., Gable A.L., Lyon D., Junge A., Wyder S., Huerta-Cepas J., Simonovic M., Doncheva N.T., Morris J.H., Bork P. et al. STRING v11: Protein-protein association networks with increased coverage, supporting functional discovery in genomewide experimental datasets. Nucleic. Acids. Res., 2019; 47: D607–D613.Колкер А.Б., Шахтшнейдер Е.В., Иванощук Д.Е., Тимощенко О.В., Рагино Ю.И. Программа построения решающих правил для прогнозирования семейной гиперхолестеринемии на основе машинного обучения и секвенирования нового поколения (ПСГХС). Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ 2023660511, 22.05.2023. Заявка № 2023618558 от 02.05.2023.Колкер А.Б., Шахтшнейдер Е.В., Иванощук Д.Е., Тимощенко О.В., Рагино Ю.И. Программа построения решающих правил для прогнозирования семейной гиперхолестеринемии на основе машинного обучения и секвенирования нового поколения (ПСГХС). Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ 2023660511, 22.05.2023. Заявка № 2023618558 от 02.05.2023.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.